Ngày 29 tháng 8 năm 1945, MacArthur được lệnh áp đặt quyền lực đối với bộ máy hành chính của triều đình Nhật Bản, trong đó có cả Thiên hoàng Hirohito (1901 - 1989)[11]. Khoảng 350.000 quân Mỹ kéo vào Nhật Bản và đóng căn cứ ở hầu khắp đất nước này, lực lượng này được đặt dưới sự chỉ huy của MacArthur.

Nhiều người tin rằng MacArthur có thể đã góp phần rất lớn trong lịch sử suốt 5 năm rưỡi với vai trò Tư lệnh Tối cao Tổng lực lượng Đồng Minh tại Nhật Bản. Tuy nhiên, một vài sử gia chỉ trích việc làm của ông khi tha tội cho Thiên hoàng Hirohito và tất cả các thành viên của Hoàng gia dính líu với chiến tranh như Thân vương Chichibu Yasuhito (秩父宮雍仁親王, Chất Phụ cung Ung Nhân Thân vương), Vương tước Asaka Yasuhiko (朝香宮鳩彦王, Triều Hương cung Cưu Ngạn vương), Vương tước Takeda Tsunehisa (竹田宮恒徳王, Trúc Điền cung Hằng Đức vương) và Vương tước Higashikuni Naruhiko (東久邇宮 稔彦王, Đông Cửu Nhĩ cung Nhẩm Ngạn vương) khỏi truy tố tội phạm chiến tranh[12]. Ngày 26 tháng 11 năm 1945, MacArthur xác nhận với Đô đốc Mitsumasa Yonai (米內光政, Mễ Nội Quan Chính) rằng việc Thiên hoàng thoái vị là không cần thiết[13]. MacArthur miễn tội Hirohito và làm lơ khuyến cáo của nhiều thành viên hoàng gia và giới trí thức Nhật Bản công khai đòi Thiên Hoàng thoái vị và thực thi chế độ nhiếp chính. Thí dụ, Thân vương Mikasa Takahito (三笠宮崇仁, Tam Lạp cung Sùng Nhân), em trai út của Thiên hoàng Hirohito đã đứng lên trong một cuộc họp riêng vào tháng 3 năm 1946 hối thúc vua anh nhận lãnh trách nhiệm bại trận, trong khi đó nhà thơ nổi tiếng là Tatsuji Miyoshi (三好達治, Tam Hảo Đại Trị) viết một bài luận trong tạp chí Shinchô với tựa đề "Thiên hoàng nên thoái vị mau"[14].

Theo sử gia Herbert Bix, "MacArthur và Bonner Fellers đã soạn thảo kế hoạch của riêng mình trong việc chiếm đóng và cải tổ Nhật Bản."[15] "Tóm lại, MacArthur không đưa ra một chính sách mới nào đối với Thiên Hoàng; ông chỉ tiếp tục chính sách có sẵn trong năm cuối cùng của Chiến tranh Thái Bình Dương, rồi bỏ qua những ý định trong chính sách đó khi hoàn cảnh xung quanh thay đổi"[16]. Chương trình có mật danh là "Operation Blacklist" (Chiến dịch Sổ đen) nhằm vào việc tách biệt Thiên hoàng Hirohito khỏi giới quân phiệt, giữ Hirohito như một biểu tượng hình thức và dùng hình ảnh Thiên hoàng để mang đến sự cải biến dân tộc Nhật Bản[17].

Theo Bix, "vài tháng trước khi tòa án Tội phạm chiến tranh Tokyo bắt đầu mở phiên xét xử thì các thuộc cấp cao cấp nhất của MacArthur đã làm việc để qui trách nhiệm Vụ tấn công Trân Châu Cảng cho Hideki Tojo"[18]. Nói về các cuộc tranh luận giữa Tổng thống Truman, Tướng Eisenhower và Tướng MacArthur, Bix cho rằng "ngay khi đổ bộ lên đất Nhật Bản, Bonner Fellers tiến hành làm việc để bênh vực Hirohito khỏi vai trò mà Thiên hoàng đã làm trong suốt và cuối chiến tranh" và "cho phép những nghi can tội phạm chiến tranh chính hợp tác dựng chuyện để Thiên Hoàng được miễn truy tố"[19].

Theo John Dower, "Chiến dịch thành công trong việc miễn quy trách nhiệm chiến tranh cho Thiên hoàng không có giới hạn. Thiên hoàng Hirohito không chỉ được xem như một kẻ vô tội về bất cứ hành động chính thức nào mà có thể khiến ông bị đưa ra xét xử và truy tố như một tội phạm chiến tranh. Ông được biến thành một khuôn mặt gần như thánh thiện, thậm chí không cần chịu trách nhiệm đạo đức đối với chiến tranh." "Với sự hỗ trợ toàn lực từ tổng hành dinh của MacArthur, cơ quan truy tố làm việc hiệu quả như là một nhóm bào chữa cho Thiên hoàng"[20].

Đối với những người ngưỡng mộ, những cảm xúc sâu sắc của MacArthur đối với nước Nhật bại trận có thể được thấy rõ trong những tấm hình chụp lễ tiếp nhận đầu hàng trong đó cờ của Thiếu tướng Hải quân Matthew Calbraith Perry (1794-1858) được trưng bày rõ nét. Là một hậu duệ của gia đình Perry ở Massachusetts và là một người bà con với Matthew Calbraith Perry, MacArthur tự xem mình là một người mở cửa Nhật Bản lần thứ hai hơn là một người chinh phục quốc gia này. MacArthur và tổng hành dinh của ông đề ra các chính sách tái thiết, thiết lập một chính phủ nghị viện tại Nhật, và phác họa một hướng đi để hiện đại hóa nước Nhật. Hoa Kỳ kiểm soát chặt chẽ sự tái thiết của Nhật Bản, và MacArthur là một lãnh đạo lâm thời rất có hiệu quả của Nhật Bản từ năm 1945 đến 1948.

Năm 1946, bộ tư lệnh của MacArthur soạn thảo một bản hiến pháp mới từ bỏ chiến tranh và giảm vị thế của Thiên hoàng xuống thành một biểu tượng hình thức; hiến pháp này vẫn còn được sử dụng tại Nhật cho đến ngày nay. Ông cũng thúc ép Nghị viện Nhật thực hiện chương trình phân quyền (decentralization) để tách nhỏ các tập đoàn công nghiệp lũng đoạn của Nhật và khuyến khích thành lập các công đoàn Nhật Bản đầu tiên.

Những chương trình tái thiết đã gây báo động cho nhiều người ở Bộ Ngoại giao và Bộ Quốc phòng Hoa Kỳ vì họ tin rằng chúng mâu thuẫn với viễn tưởng của nước Nhật (và năng lực công nghiệp của Nhật Bản) như một tường thành ngăn chặn sự mở rộng của chủ nghĩa cộng sản tại châu Á[21]. Một số các cải cách của MacArthur, như bộ luật lao động, bị hủy bỏ vào năm 1948 khi việc kiểm soát Nhật Bản đơn độc của ông chấm dứt vì có sự can dự ngày càng nhiều từ Bộ Ngoại giao. MacArthur trao quyền lại cho chính phủ mới thành lập của Nhật vào năm 1949 và vẫn ở Nhật Bản cho đến khi bị Tổng thống Harry S. Truman triệu hồi ngày 11 tháng 4 năm 1951. Truman thay thế MacArthur bằng Tướng Lục quân Hoa Kỳ Matthew Ridgway. Khoảng năm 1952, chế độ chiếm đóng của Mỹ chấm dứt, Nhật Bản là một quốc gia có chủ quyền và Nhà nước tuân theo hiến pháp mà MacArthur đã tạo ra. Hiến pháp này đã có hiệu lực kể từ năm 1947.

Cuối năm 1945, các ủy viên quân sự Đồng Minh đưa ra xét xử 4.000 sĩ quan Nhật Bản vì tội phạm chiến tranh. Khoảng 3.000 lãnh án tù và 920 bị hành quyết; các cáo buộc bao gồm Vụ thảm sát Nam Kinh, Đường tử thần Bataan và Thảm sát Manila. Những người chỉ trích cho rằng Tướng Yamashita Tomoyuki, Tư lệnh Nhật Bản tại Philippines, mất quyền kiểm soát quân lính của ông cho nên ông không đáng bị hành quyết. Thực tế, những người có trách nhiệm là dưới quyền của Nguyên soái Hisaichi Terauchi. Sau cùng, vì ông không từ chức nên người ta tìm ra trách nhiệm tư lệnh của ông để áp đặt trách nhiệm pháp lý cho hành động của quân Nhật; trường hợp này trở thành một tiền lệ được biết với tên gọi Chuẩn Yamashita (Yamashita Standard). Chuẩn tương tự được áp dụng trong trường hợp của Tướng Homma cũng bị xét xử và bị treo cổ vì những hành động tàn bạo trong vụ Đường tử thần tại Bataan. Thực tế, Tướng Homma lúc đó đang dẫn quân chiếm Corregidor. PBS (Hệ thống truyền thông công cộng ở Hoa Kỳ) có lần gọi các vụ xử án này là "vội vàng"[22].

Cuối chiến tranh, MacArthur bí mật miễn tội cho các bác sĩ trong Đơn vị 731 để đổi lấy thông tin cung cấp cho Hoa Kỳ những nghiên cứu của họ về vũ khí sinh học. Kết quả là chỉ có một người đứng ra nhắc về những thí nghiệm của Nhật Bản với "huyết thanh độc" lên dân thường Trung Hoa được nghe thấy trong tòa án tội phạm chiến tranh Tokyo vào tháng 8 năm 1946. Người thực hiện việc này là David Sutton, phụ tá của công tố viên Trung Hoa.

Chiến lược được đề nghị của MacArthur để chiến thắng Chiến tranh Lạnh là áp dụng một chiến lược quốc phòng "Pháp đài Mỹ", tập trung vào việc bảo vệ Tây Bán Cầu tương tự các chính sách mà những người theo chủ nghĩa biệt lập chủ trương như Robert Taft kết hợp với một chính sách ngoại viện cho tất cả các quốc gia chống lại chủ nghĩa cộng sản (tại châu Á cũng như châu Âu). Giống như Thượng nghị sĩ Taft, Tướng MacArthur chống đối mạnh mẽ việc thành lập tổ chức NATO.

MacArthur một mình cai trị toàn diện nước Nhật bại trận trong gần 6 năm, bỏ ngoài tai mọi ý kiến bất đồng của các nghị sĩ và quan chức Mỹ; người ta gọi ông là "nhà độc tài thần thánh" (Godlike dictator). Nhưng nhà độc tài ấy được đông đảo dân Nhật thực sự tôn kính với lòng biết ơn sâu sắc. Ngày ông trở về Mỹ, hàng trăm nghìn người Nhật kéo nhau ra đường đưa tiễn, hô vang "Đại nguyên soái", nhiều người nước mắt ròng ròng.

Hồi ký của Kiichi Miyazawa (Thủ tướng Nhật nhiệm kỳ 1991-1993) có đoạn viết:

"Ngày 16/4/1951, MacArthur rời Tokyo về Mỹ. Hôm ấy dân chúng Nhật đứng chật kín suốt hai bên đường từ trụ sở SCAP tới sân bay Haneda. Thủ tướng Nhật cùng toàn thể thành viên Chính phủ ra sân bay tiễn đưa. Tôi đứng sau Bộ trưởng Tài chính, đối diện với chiếc chuyên cơ. MacArthur cùng vợ và con trai lần lượt bắt tay từng quan chức. Khi MacArthur bước lên thang máy bay, một quan chức Nhật bỗng hô to "MacArthur muôn năm !" Thế là tất cả mọi người đều giơ tay hô theo "Muôn năm"….

Nhiều sử gia cho rằng việc đưa nước Nhật đi từ chế độ quân phiệt phong kiến lên chế độ dân chủ hiện đại là công trạng lớn nhất của MacArthur, lớn hơn bất cứ chiến công nào ông từng lập được trên các chiến trường Thế chiến I, II và chiến tranh Triều Tiên. Bản thân MacArthur cũng tự coi ông là người mở cửa nước Nhật lần thứ hai, hơn là một người chinh phục quốc gia này.